В июне 2000 г. Шульц был назначен статс-секретарем ФСБ РФ (эту должность ввели специально для него).
Позднее Шульц занял необычную должность – заместителя президента РАН, которую В. Жуков на съезде ССР постоянно путал с выборной должностью вице-президента РАН, а Г. Осипов его поправлял. В декабре 2004 г. Шульц получил премию Правительства Российской Федерации в области образования за 2003 год за цикл трудов «Создание и применение комплекса научно-практических разработок, учебников и учебно-методических материалов для подготовки и повышения квалификации специалистов по организации системы экономической и информационной безопасности государства, регионов, хозяйствующих субъектов».

В мае 2006 г. Шульц баллотировался в член-корреспонденты РАН, но не был избран. Тогда «Российская газета» в своем репортаже сообщала: «…Академик Спартак Беляев недоумевал: "Вот в член-корреспонденты баллотируется заместитель президента РАН Владимир Шульц. Но такой должности в уставе академии вообще не предусмотрено. Более того, в аннотации по его кандидатуре сказано, что он специалист в области методов объяснения и понимания, но из этого я, академик, понять ничего не могу"». Хотя в день голосования та же газета передавала неформальные разговоры членов Академии: «В кулуарах собрания те, кто давно знает выборную кухню, уверенно говорили: "Все претенденты пройдут, а уж Шульц непременно, ведь он вообще наш"». Раздражение академиков на попытки Министерства образования и науки подчинить себе Академию привели к тому, что была забаллотирована большая часть кандидатов-выходцев из силовых структур. Тогда под предлогом нежелания участвовать в этом конфликте С. Степашин накануне голосования даже снял свою кандидатуру (сожаления в связи с этим высказал тогда курировавший его научную деятельность академик Осипов).

После неудачных для себя выборов В. Шульц возглавил некий Центр исследования проблем безопасности РАН, о целях которого можно судить по его интервью «РГ» (2006 г.): «Ученые, которые входят в Центр, обобщают проблемы безопасности и стремятся выработать предложения по своевременному выявлению и предотвращению угроз. Мы работаем над созданием региональных моделей безопасности России, объединяем усилия ученых, работающих по различным направлениям, связанным с предотвращением террористических угроз». 13 февраля 2007 г. В. Шульц был определен координатором одной из программ целевых расходов Президиума РАН на 2007 год, которая называется «Охрана объектов учреждений РАН» (имеются в виду, прежде всего, объекты интеллектуальной собственности) с бюджетом в 90 млн. рублей.

Шульц – генерал-полковник, «Почетный сотрудник контрразведки», теперь работает на ниве науки, следя за тем, чтобы из РАН не уходили научные секреты. В интервью газете «Версты» в 2001 г. он назвал сотрудников силовых структур настоящей элитой общества, отметив, что «столь резкая реакция некоторых СМИ по поводу увеличения во властных структурах числа людей в погонах, на мой взгляд, вызвана тем, что военные стараются внести в процесс демократического развития страны элементы порядка и организованности. Некоторым членам нашего общества это не нравится, хотя в стремлении таким способом укрепить и общество, и государство нет ничего плохого». Далее прозвучали и чисто ленинские нотки: «Люди хотят порядка и связывают свои надежды с человеком с ружьем».

О позиции Шульца по известным делам с обвинением ряда российских ученых в продаже секретной информации, можно судить по его комментарию по делу Г. Пасько. В том же интервью Шульц отметил, что Пасько «осужден, но, как нам кажется, не по тем основаниям, которые были выявлены в ходе расследования. Военная коллегия Верховного суда вернула дело в суд Тихоокеанского флота для рассмотрения в другом составе. В обвинительном заключении сделан вывод, что он шпион, а осужден Пасько был за служебное преступление. В Верховном суде увидели этот диссонанс и вернули дело. Почему не стыкуются материалы обвинения и приговор? Можно предположить, что судья не устоял под каким-то давлением. Сейчас в стране имеется огромное количество существующих на иностранные деньги фондов, общественных организаций, провозглашающих добрые намерения, а на самом деле охотящихся за нашими секретами. Если же мы «наступаем им на хвост», то начинается крик в некоторых СМИ о том, что в России нет демократии».